Passer un gitlab du postgresql du système à celui qui est intégré au paquet omnibus, c'est faisable, c'est pas trop tricky quand on a la doc de quelqu'un qui l'a déjà fait et qui s'y connait (j'aurais jamais pu deviner tout ça perso). Par contre il faut bien suivre les instructions à la lettre, sinon ça marche pas (j'en ai fait les frais).
Est-ce une bonne idée de le faire ? Probablement pas en absolu, mais c'était un reste de mon setup "from source" alors que je suis passé au paquet omnibus depuis un moment, pour des raisons de facilité : c'est vraiment pratique les paquets et j'ai jamais eu de problème avec le leur.
Il y avait des problèmes de version entre les outils (postgresql plus vieux dans la distro). Là au moins c'est homogène… et les dump se passent bien, par exemple.